Pemilihan Rektor Unud periode 2009-2013 berlangsung Rabu 4 Pebruari 2009, di Lantai III, Gedung Rektorat Kampus Bukit Jimbaran. Pemilihan yang diikuti 145 Senat Universitas tersebut, diakhiri dengan kemenangan mutlak calon incumbent Prof. Dr. dr. I Made Bakta Sp.PD (KHOM).

Proses Pemilihan Rektor diawali dengan pembacaan visi dan misi masing-masing Calon Rektor yang berlangsung secara tertutup. Saat yang mendebarkan pun tiba, ketika para anggota senat mulai menentukan pilihannya. Dari 147 anggota Senat Universitas yang sah untuk memberikan suara, dua diantaranya tidak hadir karena sedang tugas belajar di luar negeri. Akhirnya, setelah dilakukan keabsahan surat suara dan penghitungan suara calon nomer urut 5 Prof. Dr. dr. I Made Bakta Sp.PD (KHOM) dinyatakan sebagai peraih suara terbanyak yaitu 101 suara, disusul pesaing ketatnya calon nomer urut 2 Prof. Dr. Ir. Dewa Suprapta, MSc hanya memperoleh 40 suara. Ditempat ketiga, calon nomer urut 1, Prof. Dr. I Wayan Cika, M.S dengan 2 suara dan disusul oleh calon nomer urut 4, Prof. Dr. Ing.Ir. I Made Merta, DAA dengan perolehan 1 suara dan Calon nomer urut 3 Dr. Ir. I Ketut Satriawan, MT dengan perolehan suara 0.